В самом PHP содержится достаточно большое количество встроенных функций и языковых конструкций. Также есть функции, которые требуют, чтобы PHP был собран со специфическими расширениями, в противном случае вы получите сообщение об ошибке, вызванной использованием неизвестной функции. Например, для того чтобы использовать Функции для работы с изображениями, например imagecreatetruecolor(), вам необходимо собрать PHP с поддержкой GD. Или же для того, чтобы воспользоваться функцией mysql_connect(), вам необходима поддержка модуля MySQL. Тем не менее, есть много встроенных функций, которые доступны всегда: например Функции обработки строк и Функции для работы с переменными. Вызвав phpinfo() или get_loaded_extensions(), вы можете узнать, поддержка каких модулей есть в используемом вами PHP. Также следует учесть, что поддержка некоторых дополнительных расширений включена по умолчанию, и что сама документация к PHP разбита по расширениям. Ознакомьтесь с разделами Конфигурация, Установка, а также с документацией непосредственно к дополнительным расширениям для получения более детальной информации о том, как настроить ваш PHP.
Более подробную информацию о том, как следует читать и интерпретировать прототипы функций, вы можете найти в разделе Как правильно читать описания функций. Очень важно понимать, что возвращает функция, или как именно она модифицирует передаваемые аргументы. Например, функция str_replace() возвращает модифицированную строку, в то время как функция usort() работает с фактически переданной переменной. Каждая страница документации также содержит информацию, которая специфична для данной функции, например, информацию о передаваемых параметрах, изменениях в поведении, возвращаемых значениях в случае как удачного, так и неудачного выполнения, доступности функции в различных версиях. Знание и применение этих (порой даже незаметных) нюансов очень важно для написания корректного PHP-кода.
Ознакомьтесь также со Справочником функций и более детальными описаниями функций function_exists(), get_extension_funcs() и dl().